上海市水利院前身是成立于1977年的上海市农田基本建设指挥部规划设计室，1984年9月更名为上海市水利工程设计研究院；2003年5月，上海自来水设计院、上海市城市排水技术设计研究所整合归并，成为集水利、供水、排水三位一体，覆盖水务全领域的甲级设计院；2009年9月，水利院资产管理和党组织关系由上海市水务局调整划转至现代设计集团。 
    上海市水利院拥有5项甲级资质，6项乙级资质，以及对外承包工程经营资格和上海市高新技术企业认定资格。
    上海市水利院以“水”为核心专业特色，主要从事水利、市政供排水、环境等工程的规划、设计、咨询，主要包括城市防洪、围海造地、河道治理、水闸泵站、水环境水景观、水库枢纽、给排水工程等专业领域。“九•五”以来，完成工程投资约500亿元，构筑黄浦江千里江堤和长江口、杭州湾千里海塘，治理河道约500公里，建设水景观50余处，围海造地近300平方公里。获国家及水利部、上海市等重大科技成果奖、优秀设计咨询奖100余项，拥有各类专利11项。