市水务局是市人民政府主管全市水务工作的工作部门。 
主要职责
（一）贯彻执行国家、自治区和市委、市人民政府有关水务方面的方针、政策、法律、法规、规章，研究起草水行政方面的地方性法规、规章，并组织实施。
（二）根据乌鲁木齐市国民经济和社会发展总体规划，组织拟定水务事业发展战略、中长期规划、年度计划以及流域性综合规划和区域规划，并组织实施。
（三）统一管理水资源（含空中水、地表水、地下水）。组织拟定水长期供求计划、水量分配方案并监督实施；组织有关国民经济总体规划、城市规划及重大建设项目中有关水务方面的论证工作；组织实施取水许可制度和水资源费征收制度；发布水资源公报。
（四）负责水务行业管理；拟定节水、供水、排水、污水处理中长期规划和年度计划；组织、指导和监督节水、供水、排水和污水处理工作及相关设施的管理与维护。
（五）按照国家资源与环境保护有关法律、法规和标准，拟定水资源开发、利用、保护规划；组织水功能区的划分和向饮水区等水域排污的控制；监测向河流、湖泊、水库及其它水体排污情况，提出限制排污总量的意见。
（六）组织、指导水政监察和水行政执法工作；协调、处理水事纠纷。
（七）负责水务建设资金的筹措使用和管理；指导水务行业的多种经营工作；研究提出有关水务的价格、税收、信贷、财务等经济调节意见。
（八）负责涉水工程质量监督工作；组织实施国家、自治区水务行业技术质量标准和涉水工程的规程、规范；组织建设和管理重要水利工程。
（九）监督、检查河道、堤防、湖泊、水库、骨干水利工程渠首、干渠的安全，并组织整治；负责河道的规划、管理和保护工作。
（十）负责水土保持工作。研究制定并组织实施水土保持规划，审批和监督实施开发建设项目水土保持方案；组织水土流失的监测和综合防治。
（十一）负责农村水利工作，组织协调农田水利基本建设和防病改水工作。（十二）组织、协调、监督、指导全市防汛抗旱工作。
（十三）负责水务系统科技、教育和新技术推广应用与交流；组织指导重大水务工程项目的对外合作工作。
（十四）承办市人民政府交办的其他事项。